En utilisant la plante Arabidopsis thaliana comme organisme modèle, notre équipe étudie comment ces différents aspects de l'organisation de la chromatine se coordonnent pour permettre une réponse transcriptionnelle adéquate au cours du développement ou en réponse aux stimuli environnementaux.
Financeurs
Recherche
Afin de mieux comprendre la contribution de ces mécanismes épigénétiques dans la régulation transcriptionnelle, nous caractérisons la composition des nucléosomes en variants d’histones. Pour cela, nous étudions le stockage, transport et incorporation des variants d’histone dans la chromatine par des chaperonnes d’histones (Le Goff et al, 2019, Probst, 2022). L’influence de la structure de la chromatine sur la transcription est explorée via l’étude des protéines chromatiniennes à domaine GH1, telles que les histones de liaison H1 et les protéines non-histones de type TRB et GH1-HMGA (Charbonnel et al, 2018, Teano et al, 2022). Enfin, la caractérisation des interactions entre la chromatine, la lamina et l’enveloppe nucléaire nous a conduit à mieux comprendre la relation entre position de la chromatine dans l’espace nucléaire et l’activité transcriptionnelle (Poulet et al, 2017, Mermet et al, 2021).
Nos études utilisent de nombreuses méthodes de biologie moléculaire, de génétique, d’épigénétique et de bio-informatique et s’appuient sur de nouveaux outils de bio-imagerie incluant notamment l’intelligence artificielle pour suivre la dynamique de la chromatine par microscopie confocale (Dubos et al, 2020, 2022, Mougeot et al, 2022).
Notre équipe est composée de deux chercheurs CNRS, d’une ingénieure INSERM, de six enseignant-chercheurs de l’Université Clermont Auvergne et de plusieurs étudiants en master et doctorat. Nos recherches s’intègrent dans les réseaux locaux comme le projet CAP20-25 Centre International de Recherche sur les Agroécosystèmes durables (CIR1) et la mobilité (CIR3), nationaux comme le GDR EPIPLANT, le GDR ADN&G, le GDR IMABIO ou le réseau RtmFM, européens via le réseau doctoral Marie Curie Doctoral Network EpiSeedLink et internationaux via notre implication dans la Society of Experimental Biology (SEB).
Nous sommes fortement impliqués dans la vie de l’Université Clermont Auvergne par notre représentation à l’UFR Biologie et notre contribution à l’enseignement de la génétique en licence de science de la vie, de l’épigénétique en Master de Biologie Santé et en Master de Biologie végétale et en bio-informatique dans le Master de bio-informatique. Nous participons à la diffusion de la culture scientifique par notre participation aux événements de l’association de médiation scientifique Astu’Science.
Membres
Publications
The dual trxG/PcG protein ULTRAPETALA1 modulates H3K27me3 and directly enhances POLYCOMB REPRESSIVE COMPLEX 2 activity for fine-tuned reproductive transitions
Publié le 24 Oct 2024 dans bioRxiv
Geshkovski V, Engelhorn J, Izquierdo JB, Laroussi H, Thouly C, Turchi L, Le Masson M, Thévenon E, Petitalot A, Simon L , Desset S , Michl-Holzinger P, Parrinello H, Grasser KD, Probst AV , Margueron R, Vachon G, Kadlec J, Carles CC
The histone chaperones ASF1 and HIRA are required for telomere length and 45S rDNA copy number homeostasis
Publié le 14 Oct 2024 dans The Plant Journal , vol. 120 - pp 1125-1141
Machelová A, Dadejová MN, Franek M, Mougeot G , Simon L , Le Goff S , Duc C , Bassler J, Demko M, Schwarzerová J, Desset S , Probst AV , Dvořáčková M
Biom3d, a modular framework to host and develop 3D segmentation methods
Publié le 25 Juil 2024
Mougeot G , Safarbati S , Alégot H , Pouchin P , Field N, Almagro S, Pery E, Probst AV , Tatout C , Evans DE, Graumann K, Chausse F, Desset S
The TELOMERE REPEAT BINDING proteins TRB4 and TRB5 function as transcriptional activators of PRC2-controlled genes to regulate plant development.
Publié le 01 Avr 2024 dans Plant communications - pp 100890
Amiard S , Feit L , Vanrobays E , Simon L , Le Goff S , Loizeau L , Wolff L, Butter F, Bourbousse C, Barneche F, Tatout C , Probst AV
Evolutionarily conserved protein motifs drive interactions between the plant nucleoskeleton and nuclear pores
Publié le 21 Sep 2023 dans The Plant Cell
Mermet S , Voisin M , Mordier J , Dubos T , Tutois S , Tuffery P, Baroux C, Tamura K, Probst AV , Vanrobays E , Tatout C
Histone H1 protects telomeric repeats from H3K27me3 invasion in Arabidopsis
Publié le 28 Juil 2023 dans Cell Reports , vol. 42 - pp 112894
Teano G, Concia L, Wolff L, Carron L, Biocanin I, Adamusová K, Miloslava Fojtová, Michael Bourge, Amira Kramdi, Vincent Colot, Ueli Grossniklaus, Bowler C, Baroux C, Carbone A, Probst AV , Procházková Schrumpfová P, Fajkus J, Amiard S , Grob S, Bourbousse C, Barneche F
HSFA1a modulates plant heat stress responses and alters the 3D chromatin organization of enhancer-promoter interactions
Publié le 28 Jan 2023 dans Nat. Comm. , vol. 14 - pp 469
Huang Y, An J, Sircar S, Bergis C, Lopes CD, He X, Da Costa B, Tan FQ, Bazin J, Antunez-Sanchez J, Mammarella MF, Devani RS, Brik-Chaouche R, Bendahmane A, Frugier F, Xia C, Rothan C, Probst AV , Mohamed Z, Bergounioux C, Delarue M, Zhang Y, Zheng S, Crespi M, Fragkostefanakis S, Mahfouz MM, Ariel F, Gutierrez-Marcos J, Raynaud C, Latrasse D, Benhamed M
Maintenance and dynamic reprogramming of chromatin organization during development.
Publié le 26 Jan 2023 dans The Plant Journal , vol. 118 - pp 657-670
Image analysis workflows to reveal the spatial organization of cell nuclei and chromosomes.
Publié le 30 Déc 2022 dans Nucleus (Austin, Tex.) , vol. 13 - pp 277-299
Randall RS, Jourdain C, Nowicka A, Kaduchová K, Kubová M, Ayoub MA, Schubert V, Tatout C , Colas I, Kalyanikrishna, Desset S , Mermet S , Boulaflous-Stevens A, Kubalová I, Mandáková T, Heckmann S, Lysak MA, Panatta M, Santoro R, Schubert D, Pecinka A, Routh D, Baroux C
Histone H1 protects telomeric repeats from H3K27me3 invasion in Arabidopsis
Publié le 06 Déc 2022 dans bioRxiv
Teano G, Concia L, Wolff L, Carron L, Biocanin I, Adamusová K, Fojtová M, Bourge M, Kramdi A, Colot V, Grossniklaus U, Bowler C, Baroux C, Carbone A, Probst AV , Procházková Schrumpfová P, Fajkus J, Amiard S , Grob S, Bourbousse C, Barneche F
Easing batch image processing from OMERO: a new toolbox for ImageJ.
Publié le 24 Nov 2022 dans F1000Research , vol. 11 - pp 392
Pouchin P , Zoghlami R, Valarcher R , Delannoy M, Carvalho M, Belle C, Mongy M, Desset S , Brau F
Deposition and eviction of histone variants define functional chromatin states in plants.
Publié le 30 Oct 2022 dans Current opinion in plant biology , vol. 69 - pp 102266
Deep learning — promises for 3D nuclear imaging: a guide for biologists.
Publié le 01 Avr 2022 dans Journal of cell science , vol. 135
Mougeot G , Dubos T , Chausse F, Péry E, Graumann K, Tatout C , Evans DE, Desset S
ANCHOR: A Technical Approach to Monitor Single-Copy Locus Localization in Planta.
Publié le 06 Juil 2021 dans Frontiers in plant science , vol. 12 - pp 677849
Meschichi A, Ingouff M, Picart C, Mirouze M, Desset S , Gallardo F, Bystricky K, Picault N, Rosa S, Pontvianne F
Polycomb-dependent differential chromatin compartmentalization determines gene coregulation in Arabidopsis.
Publié le 03 Juin 2021 dans Genome research , vol. 31 - pp 1230-44
Huang Y, Sicar S, Ramirez-Prado JS, Manza-Mianza D, Antunez-Sanchez J, Brik-Chaouche R, Rodriguez-Granados NY, An J, Bergounioux C, Mahfouz MM, Hirt H, Crespi M, Concia L, Barneche F, Amiard S , Probst AV , Gutierrez-Marcos J, Ariel F, Raynaud C, Latrasse D, Benhamed M
Gene dosage compensation of rRNA transcript levels in Arabidopsis thaliana lines with reduced ribosomal gene copy number
Publié le 31 Mai 2021 dans The Plant Cell , vol. 33 - pp 1135-1150
Lopez FB, Fort A, Tadini L, Probst AV , McHale M, Friel J, Ryder P, Pontvianne FDR, Pesaresi P, Sulpice R, McKeown P, Brychkova G, Spillane C
The Histone Chaperone HIRA Is a Positive Regulator of Seed Germination.
Publié le 14 Avr 2021 dans International journal of molecular sciences , vol. 22
Layat E , Bourcy M, Cotterell S , Zdzieszyńska J, Desset S , Duc C , Tatout C , Bailly C, Probst AV
Automated 3D bio-imaging analysis of nuclear organization by NucleusJ 2.0.
Publié le 30 Déc 2020 dans Nucleus (Austin, Tex.) , vol. 11 - pp 315-329
Dubos T , Poulet A , Gonthier-Gueret C, Mougeot G , Vanrobays E , Li Y , Tutois S , Pery E, Chausse F, Probst AV , Tatout C , Desset S
Similar yet critically different: the distribution, dynamics and function of histone variants.
Publié le 17 Août 2020 dans Journal of experimental botany , vol. 71 - pp 5191-5204
Probst AV , Desvoyes B, Gutierrez C
Untangling chromatin interactions.
Publié le 17 Août 2020 dans Journal of experimental botany , vol. 71 - pp 5115-5118
The H3 histone chaperone NASP(SIM3) escorts CenH3 in Arabidopsis.
Publié le 30 Jan 2020 dans The Plant Journal , vol. 101 - pp 71-86
Le Goff S , Keçeli BN, Jeřábková H, Heckmann S, Rutten T, Cotterell S , Schubert V, Roitinger E, Mechtler K, Franklin FCH, Tatout C , Houben A, Geelen D, Probst AV , Lermontova I
Probing the 3D architecture of the plant nucleus with microscopy approaches: challenges and solutions.
Publié le 30 Déc 2019 dans Nucleus (Austin, Tex.) , vol. 10 - pp 181-212
Dumur T, Duncan S, Graumann K, Desset S , Randall RS, Scheid OM, Prodanov D, Tatout C , Baroux C
Looking At the Past and Heading to the Future: Meeting Summary of the 6(th) European Workshop on Plant Chromatin 2019 in Cologne, Germany.
Publié le 07 Fév 2019 dans Frontiers in plant science , vol. 10 - pp 1795
Moreno-Romero J, Probst AV , Trindade I, Kalyanikrishna, Engelhorn J, Farrona S
Replication-coupled histone H3.1 deposition determines nucleosome composition and heterochromatin dynamics during Arabidopsis seedling development.
Publié le 30 Jan 2019 dans The New phytologist , vol. 221 - pp 385-398
Benoit M , Simon L , Desset S , Duc C , Cotterell S , Poulet A , Le Goff S , Tatout C , Probst AV
Spatial organization of chromosome territories in the interphase nucleus of trisomy 21 cells.
Publié le 30 Juin 2018 dans Chromosoma , vol. 127 - pp 247-259
Kemeny S, Tatout C , Salaun G, Pebrel-Richard C, Goumy C, Ollier N, Maurin E, Pereira B, Vago P, Gouas L
Meeting report – INDEPTH kick-off meeting.
Publié le 25 Juin 2018 dans Journal of cell science , vol. 131
The Linker Histone GH1-HMGA1 Is Involved in Telomere Stability and DNA Damage Repair.
Publié le 30 Mai 2018 dans Plant physiology , vol. 177 - pp 311-327
Charbonnel C , Rymarenko O, Da Ines O , Benyahya F, White CI , Butter F, Amiard S
Genetic and epigenetic variation in 5S ribosomal RNA genes reveals genome dynamics in Arabidopsis thaliana.
Publié le 06 Avr 2018 dans Nucleic acids research , vol. 46 - pp 3019-3033
Simon L , Rabanal FA, Dubos T , Oliver C, Lauber D , Poulet A , Vogt A, Mandlbauer A, Le Goff S , Sommer A, Duborjal H, Tatout C , Probst AV
A Compendium of Methods to Analyze the Spatial Organization of Plant Chromatin.
Publié le 01 Jan 2018 dans Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) , vol. 1675 - pp 397-418
High-Affinity LNA-DNA Mixmer Probes for Detection of Chromosome-Specific Polymorphisms of 5S rDNA Repeats in Arabidopsis thaliana.
Publié le 01 Jan 2018 dans Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) , vol. 1675 - pp 481-491
Quantitative 3D Analysis of Nuclear Morphology and Heterochromatin Organization from Whole-Mount Plant Tissue Using NucleusJ.
Publié le 01 Jan 2018 dans Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) , vol. 1675 - pp 615-632
Computational Methods for Studying the Plant Nucleus.
Publié le 01 Jan 2018 dans Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) , vol. 1840 - pp 205-219
Poulet A , Zhou X, Tamura K, Meier I, Tatout C , Graumann K, Evans DE
Investigation of Nuclear Periphery Protein Interactions in Plants Using the Membrane Yeast Two-Hybrid (MbY2H) System.
Publié le 01 Jan 2018 dans Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) , vol. 1840 - pp 221-235
Arabidopsis ATRX Modulates H3.3 Occupancy and Fine-Tunes Gene Expression.
Publié le 30 Juil 2017 dans The Plant cell , vol. 29 - pp 1773-1793
Duc C , Benoit M , Détourné G , Simon L , Poulet A , Jung M, Veluchamy A, Latrasse D, Le Goff S , Cotterell S , Tatout C , Benhamed M, Probst AV
The LINC complex contributes to heterochromatin organisation and transcriptional gene silencing in plants.
Publié le 01 Fév 2017 dans Journal of cell science , vol. 130 - pp 590-601
Poulet A , Duc C , Voisin M , Desset S , Tutois S , Vanrobays E , Benoit M , Evans DE, Probst AV , Tatout C
Exploring the evolution of the proteins of the plant nuclear envelope.
Publié le 02 Jan 2017 dans Nucleus (Austin, Tex.) , vol. 8 - pp 46-59
A novel family of plant nuclear envelope-associated proteins.
Publié le 30 Oct 2016 dans Journal of experimental botany , vol. 67 - pp 5699-5710
Pawar V, Poulet A , Détourné G , Tatout C , Vanrobays E , Evans DE, Graumann K
Structure and Function of Centromeric and Pericentromeric Heterochromatin in Arabidopsis thaliana.
Publié le 30 Nov 2015 dans Frontiers in plant science , vol. 6 - pp 1049
Stress-induced structural changes in plant chromatin.
Publié le 30 Oct 2015 dans Current opinion in plant biology , vol. 27 - pp 8-16
Probst AV , Mittelsten Scheid O
NucleusJ: an ImageJ plugin for quantifying 3D images of interphase nuclei.
Publié le 01 Avr 2015 dans Bioinformatics (Oxford, England) , vol. 31 - pp 1144-6
Poulet A , Arganda-Carreras I, Legland D, Probst AV , Andrey P, Tatout C
The histone chaperone complex HIR maintains nucleosome occupancy and counterbalances impaired histone deposition in CAF-1 complex mutants.
Publié le 30 Mar 2015 dans The Plant journal : for cell and molecular biology , vol. 81 - pp 707-22
Duc C , Benoit M , Le Goff S , Simon L , Poulet A , Cotterell S , Tatout C , Probst AV
Marker gene tethering by nucleoporins affects gene expression in plants.
Publié le 01 Jan 2015 dans Nucleus (Austin, Tex.) , vol. 6 - pp 471-8
Smith S, Galinha C, Desset S , Tolmie F, Evans D, Tatout C , Graumann K
Characterization of two distinct subfamilies of SUN-domain proteins in Arabidopsis and their interactions with the novel KASH-domain protein AtTIK.
Publié le 30 Déc 2014 dans Journal of experimental botany , vol. 65 - pp 6499-512
Graumann K, Vanrobays E , Tutois S , Probst AV , Evans DE, Tatout C
Evolutionary history of Methyltransferase 1 genes in hexaploid wheat.
Publié le 23 Oct 2014 dans BMC genomics , vol. 15 - pp 922
Thomas M, Pingault L, Poulet A , Duarte J, Throude M, Faure S, Pichon JP, Paux E, Probst AV , Tatout C
The plant LINC complex at the nuclear envelope.
Publié le 30 Juin 2014 dans Chromosome research : an international journal on the molecular, supramolecular and evolutionary aspects of chromosome biology , vol. 22 - pp 241-52
Tatout C , Evans DE, Vanrobays E , Probst AV , Graumann K
Heterochromatin reorganization during early mouse development requires a single-stranded noncoding transcript.
Publié le 26 Sep 2013 dans Cell reports , vol. 4 - pp 1156-67
Casanova M, Pasternak M, El Marjou F, Le Baccon P, Probst AV , Almouzni G
Heterochromatin dynamics during developmental transitions in Arabidopsis – a focus on ribosomal DNA loci.
Publié le 15 Août 2013 dans Gene , vol. 526 - pp 39-45
Benoit M , Layat E , Tourmente S , Probst AV
Transcript levels, alternative splicing and proteolytic cleavage of TFIIIA control 5S rRNA accumulation during Arabidopsis thaliana development.
Publié le 30 Juil 2012 dans The Plant journal : for cell and molecular biology , vol. 71 - pp 35-44
Layat E , Cotterell S , Vaillant I , Yukawa Y, Tutois S , Tourmente S
The N-terminal domains of TRF1 and TRF2 regulate their ability to condense telomeric DNA.
Publié le 30 Mar 2012 dans Nucleic acids research , vol. 40 - pp 2566-76
Poulet A, Pisano S, Faivre-Moskalenko C, Pei B, Tauran Y, Haftek-Terreau Z, Brunet F, Le Bihan YV, Ledu MH, Montel F, Hugo N, Amiard S , Argoul F, Chaboud A, Gilson E, Giraud-Panis MJ
Heterochromatin maintenance and establishment: lessons from the mouse pericentromere.
Publié le 01 Sep 2011 dans Nucleus (Austin, Tex.) , vol. 2 - pp 332-8
Almouzni G, Probst AV
Characterization of a cinnamoyl-CoA reductase 1 (CCR1) mutant in maize: effects on lignification, fibre development, and global gene expression.
Publié le 30 Juil 2011 dans Journal of experimental botany , vol. 62 - pp 3837-48
Tamasloukht B, Wong Quai Lam MS, Martinez Y, Tozo K, Barbier O, Jourda C, Jauneau A, Borderies G, Balzergue S, Renou JP, Huguet S, Martinant JP, Tatout C , Lapierre C, Barrière Y, Goffner D, Pichon M
Heterochromatin establishment in the context of genome-wide epigenetic reprogramming.
Publié le 30 Mai 2011 dans Trends in genetics : TIG , vol. 27 - pp 177-85
Probst AV , Almouzni G
SUMOylation promotes de novo targeting of HP1α to pericentric heterochromatin.
Publié le 30 Mar 2011 dans Nature genetics , vol. 43 - pp 220-7
Maison C, Bailly D, Roche D, Montes de Oca R, Probst AV , Vassias I, Dingli F, Lombard B, Loew D, Quivy JP, Almouzni G
A strand-specific burst in transcription of pericentric satellites is required for chromocenter formation and early mouse development.
Publié le 19 Oct 2010 dans Developmental cell , vol. 19 - pp 625-38
Probst AV , Okamoto I, Casanova M, El Marjou F, Le Baccon P, Almouzni G
TRF2 and apollo cooperate with topoisomerase 2alpha to protect human telomeres from replicative damage.
Publié le 23 Juil 2010 dans Cell , vol. 142 - pp 230-42
Ye J, Lenain C, Bauwens S, Rizzo A, Saint-Léger A, Poulet A, Benarroch D, Magdinier F, Morere J, Amiard S , Verhoeyen E, Britton S, Calsou P, Salles B, Bizard A, Nadal M, Salvati E, Sabatier L, Wu Y, Biroccio A, Londoño-Vallejo A, Giraud-Panis MJ, Gilson E
Platination of telomeric DNA by cisplatin disrupts recognition by TRF2 and TRF1.
Publié le 30 Juin 2010 dans Journal of biological inorganic chemistry : JBIC : a publication of the Society of Biological Inorganic Chemistry , vol. 15 - pp 641-54
Ourliac-Garnier I, Poulet A, Charif R, Amiard S , Magdinier F, Rezaï K, Gilson E, Giraud-Panis MJ, Bombard S
Identification and mapping of induced chromosomal deletions using sequence polymorphisms.
Publié le 30 Jan 2010 dans BioTechniques , vol. 48 - pp 53-60
Vanrobays E , Jennings BH, Ish-Horowicz D
Heterochromatin at mouse pericentromeres: a model for de novo heterochromatin formation and duplication during replication.
Publié le 01 Jan 2010 dans Cold Spring Harbor symposia on quantitative biology , vol. 75 - pp 155-65
Maison C, Quivy JP, Probst AV , Almouzni G
A Pol V-mediated silencing, independent of RNA-directed DNA methylation, applies to 5S rDNA.
Publié le 30 Oct 2009 dans PLoS genetics , vol. 5 - pp e1000690
Douet J, Tutois S , Tourmente S
TRF2 promotes, remodels and protects telomeric Holliday junctions.
Publié le 18 Mar 2009 dans The EMBO journal , vol. 28 - pp 641-51
Poulet A, Buisson R, Faivre-Moskalenko C, Koelblen M, Amiard S , Montel F, Cuesta-Lopez S, Bornet O, Guerlesquin F, Godet T, Moukhtar J, Argoul F, Déclais AC, Lilley DM, Ip SC, West SC, Gilson E, Giraud-Panis MJ
TOR regulates the subcellular distribution of DIM2, a KH domain protein required for cotranscriptional ribosome assembly and pre-40S ribosome export.
Publié le 30 Oct 2008 dans RNA (New York, N.Y.) , vol. 14 - pp 2061-73
Vanrobays E , Leplus A, Osheim YN, Beyer AL, Wacheul L, Lafontaine DL
Hypomethylation and hypermethylation of the tandem repetitive 5S rRNA genes in Arabidopsis.
Publié le 30 Avr 2008 dans The Plant journal : for cell and molecular biology , vol. 54 - pp 299-309
Vaillant I , Tutois S , Jasencakova Z, Douet J, Schubert I, Tourmente S
In Drosophila melanogaster the COM locus directs the somatic silencing of two retrotransposons through both Piwi-dependent and -independent pathways.
Publié le 06 Fév 2008 dans PloS one , vol. 3 - pp e1526
Pericentric heterochromatin: dynamic organization during early development in mammals.
Publié le 30 Jan 2008 dans Differentiation; research in biological diversity , vol. 76 - pp 15-23
Probst AV , Almouzni G