La plateforme bio informatique (BIM) se divise en deux types de services.

Le premier concerne le traitement d’images:

Le deuxième concerne le traitement et l’analyse des données issues de séquences haut-débits:

Les services principaux proposés sont les suivants:

• Réalisation de traitements et d’analyses de données issues de séquences haut-débits concernant des études sur des aspects:
  • Transcriptomiques ( RNA-Seq, single cell RNA-Seq, …)
  • Génomiques (Chip-Seq, HiC-seq, 4C-seq, ATAC-seq …)
  • Epigénétiques (Smrt-seq, RRBS-seq, RREM-seq, …)
  • Phylogénétiques (Etude de l’évolution de famille de gènes)
  • Protéomiques (Prédiction de structure protéique 3D)

• Mise en place de nouvelles solutions et d outils de traitement et d’analyse de données:
  • Développement d’outils spécifiques à la réalisation de traitement et d’analyse (code Python, Java, C++)
  • Ecriture de scripts R génériques pour la réalisation de statistiques et la génération automatique de figures
  • Dépôt des codes sur GitHub du laboratoire.

• Interaction avec les différentes équipes de recherche
  • Diversité de modèles au sein du laboratoire ( Humain, Souris, Drosophile, Arabidopsis, Poulet, C-elegans)
  • Réunions de suivi de projets ( définition des besoins, suivi des réalisations, discussions sur les résultats)
  • Valorisation des résultats pour publication et définition du matériel et méthodes
  • Conseil en choix technologique de séquencage selon les recherches menées

• Formation aux outils informatiques et bio informatiques
  • Initiation commandes bash
  • Formation individuelle à l’utilisation des outils bio informatiques durant la réalisation des projets
  • Mise en place de documents à venir pour aider à l’utilisation des outils bio informatiques

• Mise en place d’une structure bio informatique au sein du laboratoire
  • Développement de la plateforme avec mise en place de ressources et de documentation

Pour les membres du iGReD vous pouvez  trouver un formulaire de prestations ici